Através de sorteio, a CBF definiu os confrontos e mandos de campo da quarta fase da Copa do Brasil. Os jogos vão ser realizados nos dias 5, 12 e 19 de abril.
Jogos de ida
Sport x Joinville
Vitória x Asa ou Paraná Clube
Goiás x Fluminense
Inter x Corinthians
São Paulo x Cruzeiro
Jogos de volta
Joinville x Sport
Asa ou Paraná Clube x Vitória
Fluminense x Goiás
Corinthians x Inter
São Paulo x Cruzeiro
Na quinta fase serão 16 equipes. Os cinco oriundos da quarta fase e mais os oito participantes da Libertadores 2017 (Atlético-MG, Atlético-PR, Botafogo, Chapecoense, Flamengo, Grêmio, Santos e Palmeiras), o campeão da Copa do Nordeste de 2016 (Santa Cruz), o campeão da Copa Verde de 2016: (Paysandu) e o campeão da Série B de 2016 (Atlético-GO).